Jednotky Waffen-SS sa podieľali na množstve vojnových zločinov. Prvé z nich sa udiali už pri vpáde do Poľska. Ďalších zločinov sa dopustili napr. proti britským vojnovým zajatcom pri pri meste La Basée Canal, kde Fritz Knochlein zavraždil asi 100 z nich. Jednotky Totenkopfverbände mali za úlohu zabezpečovať činnosť a bezpečnosť koncentračných a vyhladzovacích táborov. Na východnom fronte, v Poľsku a na Balkáne boli Waffen-SS súčasťou zoskupení Einsatzgruppen, kde tvorili asi 1/4 ich personálu. Tieto jednotky postupovali za jednotkami nemeckej armády a systematicky likvidovali rasových a ideologických nepriateľov. Tieto jednotky zabili desiatky tisíc ľudí na mnohých miestach v Pobaltí a na Ukrajine. Príkladom bol masaker v rokline Babij Jar pri Kyjeve. Mnoho jednotiek SS v rámci protipartizánskeho boja vypálilo tisíce dedín po celej Európe (Chatyň, Oradour-sur-Glane, Ostrý Grúň, Tokajík a iné). Potlačili povstanie vo varšavskom gete ale aj Varšavské povstanie v lete 1944. Dopusti sa tiež mnohých vojnových zločinov proti zajatcom, na východnom aj západnom fronte. K najznámejším z nich patril Malmédsky masaker, kde Kampfgruppe Peiper postrieľala 17. decembra 1944 308 spojeneckých vojakov a 111 belgických civilistov.